Sebagai salah satu langkah dalam upaya pencegahan penyebaran Virus corona di lingkungan SMP PGRI 5 Denpasar. Sekolah secara mandiri melaksanakan penyemprotan disenfektan di lingkungan sekolah yang meliputi ruang kelas, perpustakaan dan berapa ruangan di sekolah selain itu penyemprotan juga dilaksanakan di lingkungan sekitar sekolah. Penyemprotan dilakukan secara berkala 2 kali seminggu.

Selain itu Sekolah juga menyiapkan satgas covid , yang terdiri dari Tenaga Keamanan, Guru Piket dan Tenaga Kesehatan di sekolah. Setiap warga sekolah, siswa, ataupun tamu yang datang ke sekolah selain wajib menggunakan masker juga dilakukan pengecekan suhu badan dan juga wajib penggunaan handsaniteser yang disediakan oleh ke sekolah.